Pada awalnya Desa Mekarrahayu merupakan bagian dari wilayah Desa Rahayu Kecamatan Margaasih Kabupaten Bandung. Akan tetapi mengingat luas dan letak geografis Desa Rahayu saat itu dan memperhatikan perkembangan di bidang pemerintahan, Pembangunan dan Kemasyarakatan serta sangat pesatnya perkembangan jumlah penduduk maka dirasakan perlu untuk diadakan pemecahan/pemekaran Desa Rahayu menjadi 2 (dua) bagian.

Maka pada tanggal 13 Oktober tahun 1982 Desa Rahayu di Mekarkan/dipecahkan menjadi 2 (dua) bagian, yaitu : Desa Rahayu dan Desa Mekarrahayu. Maka dengan demikian resmilah Desa Mekarrahayu terpisah dari Desa Rahayu dan berdiri sendiri  dengan luas wilayah + 299,644 Ha (dua ratus Sembilan puluh Sembilan koma enam ratus empat puluh empat Hecto acre), dengan batas wilayah :

Sebelah Utara

:

Desa Rahayu

Sebelah Timur

:

Desa Margahayu Selatan

Sebelah Selatan

:

Desa Pameuntasan/Sungai Citarum.

Sebelah Barat

:

Desa Cigondewah Hilir / Desa Nanjung.

Dalam perjalanannya, sejak diresmikannya Desa Mekarrahayu telah mengalami beberapa kali pergantian Kepala Desa sebagai pucuk pimpinannya,  diantaranya :

• Dari tanggal 13 Oktober 1982 dipimpin oleh M. Solih sebagai pejabat sementara Kepala Desa.
• Dari tahun 1984 sampai dengan tahun 1992, dipimpin oleh Koko Rachman, selaku Kepala Desa hasil pemilihan (Depinitif).
• Sejak tanggal 30 Oktober 1992 sampai tanggal 22 Oktober 1993, dipimpin oleh A. Sudradjat RC, selaku Pejabat Sementara Kepala Desa (PJS).
• Dari tanggal 23 Oktober 1993 sampai dengan tanggal 23 Oktober 2001 dipimpin Oleh H. Nandang selaku Kepala Desa hasil pemilihan (Depinitif).
• Dari tangal 23 Oktober  2001 sampai tanggal 13 Januari 2007 Dipimpin oleh Herry Heryadi, selaku Kepala Desa Depinitif.
• Dari  tanggal 11 Januari 2007 sampai tanggal 11 Januari 2013, dipimpin oleh H. Nandang, sebagai Kepala Desa Depinitif.
• Dan mulai tanggal 11 Januari 2013 sampai dibuatkannya RPJMDes ini, dipimpin oleh H. Herry Heryadi sebagai Kepala Desa Definitif.
• Dan mulai tanggal 11 Januari 2019 Desa dipimpin oleh Dedeng Lukmana sebagai PJS Kepala Desa Definitif, karena ada perubahan PILKADES serentak tahun 2020
• Dan mulai tanggal 28 November 2019 sampai dibuatkannya RPJMDes ini, dipimpin oleh H. Iip Saripuloh, S.Sos sebagai Kepala Desa Definitif.

Sejak dilakukannya pemekaran, desa Mekarrahayu telah mengalami perubahan dan berbagai bidang, baik dari bidang Geografis, Kependudukan pemukiman, Kemasyarakatan bahkan pada bidang sosio antropologi-nya.